Aby mohl program se seznamy pracovat, musí být seznamy nejdříve indexovány. Při indexování je vytvořen k datovému souboru příslušný indexový soubor, v němž jsou body setříděny podle předčíslí a čísel. V datovém souboru body zůstávají uloženy nesetříděné, tak, jak byly postupně při výpočtech nebo importu přidávány.

Při práci se seznamem je indexový soubor umístěn v paměti počítače (z důvodu rychlejší manipulace se seznamem), zatímco datový soubor je stále umístěn na disku. Veškeré změny v datech jsou tedy okamžitě ukládány na disk.

Změny v datech jsou průběžně zaznamenávány na disk, zatímco změny v indexovém souboru se odehrávají v operační paměti, a aktuální indexový soubor se normálně ukládá až při zavření okna se seznamem souřadnic. Při násilném přerušení chodu programu tedy na disku zůstane aktuální datový soubor, ale původní indexový soubor. Program podle určitých kritérií testuje soulad datového a indexového souboru, takže sám rozpozná, že k sobě tyto soubory nepatří, a v takovém případě automaticky vytvoří nový indexový soubor.