Veškerá nastavení programu Groma, včetně vstupních/výstupních formátů, rozmístění otevřených oken na obrazovce, apod. jsou ukládána do konfiguračního souboru, jehož standardní název je Groma.ini. Standardní umístění tohoto souboru se liší v závislosti na použité verzi MS Windows. Existuje-li v prostředí proměnná USERPROFILE, bude konfigurační soubor umístěn do adresáře, kam tato proměnná ukazuje. Není-li tato proměnná definována, bude konfigurační soubor umístěn v adresáři, kde jsou instalována MS Windows (obvykle C:\WINDOWS).

Název a umístění konfiguračního souboru lze změnit pomocí parametru při spuštění. Seznam použitelných parametrů je uveden v příloze.

Dále lze měnit název a umístění aktivního konfiguračního souboru pomocí nástroje Manažer konfigurací, který je přístupný z lišty nastavení.

Pokud při prvním spuštění systému Groma není v příslušném adresáři inicializační soubor nalezen, program na toto místo zkopíruje standardní předdefinovanou konfiguraci, která se nachází v adresáři systému Groma.

Konfigurační soubor je textový soubor, který lze teoreticky přímo editovat, ale tento postup příliš nedoporučujeme, protože všechny jeho položky jsou nastavitelné z prostředí programu Groma, a je-li tento soubor porušen, resp. obsahuje-li nepředpokládané nebo nepřípustné údaje, nelze zaručit korektní chování programu.