Při mazání v datovém souboru (souřadnicovém i s měřenými daty) jsou rušené položky pouze označeny jako smazané, ale v datovém souboru nadále zůstávají. Může se tedy stát, že po složitých operacích a přesunech bodů je seznam souřadnic prázdný, nebo obsahuje pouze několik bodů, a přesto na disku zabírá třeba několik desítek nebo stovek KB. V takovém případě je vhodné provést kompresi datového souboru. Při kompresi je původní datový soubor přejmenován na záložní (.~cr), a je vytvořen nový datový soubor (.crd), který již dříve smazané položky neobsahuje. Smazané položky lze z datového souboru, který ještě nebyl zkomprimován, obnovit pomocí nástroje Vymaž

Kompresi datového souboru je však vhodné provést i z jiných důvodů. Je-li například importován seznam souřadnic (např. z textového souboru), v němž nejsou body setříděny, může jeho indexování (zvlášť je-li rozsáhlý) trvat poměrně dlouho. Dojde-li během další práce k porušení indexového souboru, nebo je-li tento soubor smazán, je nutno celé indexování absolvovat znovu. Při kompresi souboru jsou však body zapisovány setříděné podle čísel, a v takovém případě další indexování zabere podstatně méně času. Po importu nesetříděného seznamu, případně po složitějším doplnění seznamu během výpočtů je tedy vhodné datový soubor komprimovat.